复杂性肛瘘引起来的原因主要是由于肛瘘早期表现没有及时的达到控制造成肛瘘逐渐加重，形成瘘道发生改变，同时形成多个感染罩，向肛门两侧疏松的基地组织扩散形成马蹄样改变。
如果肛瘘瘘管形成的越多则表示复杂的程度越重，复发的几率就非常高。治疗复杂性肛瘘的手段目前主要是通过手术的方式进行处理，可以通过肛瘘切开挂线术、肛瘘切除术等方式处理。同时手术过程中需要通过相关的检查来确定瘘口的位置、瘘口的多少便于手术的处理。