无症状型阿米巴结肠炎主要是指阿米巴包囊的携带者，由于症状较轻，常被患者忽视。阿米巴结肠炎患者可能有发热、腹痛、腹泻、稀便、粘液便和未消化食物，大便具有腥臭味。
阿米巴结肠炎的潜伏期为一周到两周到数月不等，由于包囊数、致病性和耐药性的不同，可能出现不同的临床表现。急性阿米巴痢疾大便带血和黏液，多呈暗红色或紫红色，糊状，具有腥臭味。
病情较重者可为血便，或白色黏液上覆盖有少许鲜红色血液。中毒症状的患者可能有38度左右的发热、腹痛和腹泻。一天几次，血便或粪便和血液分离，有时几次完全血便。如果大便次数不多，则表现为深红色或果酱状。