真菌性食管炎有可能需要活检。活检的目的是明确该疾病的病理性质，排除肿瘤性疾病，尤其是恶性肿瘤疾病。
通过病理组织活检，明确是受到真菌感染所引起的食管炎症感染性疾病时，需要及时地给患者服用抗真菌药物，以及食管黏膜保护药物，避免胃内容物反流，加重食管黏膜损伤。
如果患者有长期使用激素或者抗生素，同时有出现食管炎症状时，需要及早就医并且做消化内镜检查。在患者有感染性疾病时，需要合理规范使用抗生素以及激素类药物。