伪膜性肠炎典型的症状，就是患者不合理使用抗生素后，突然出现腹胀、腹痛，腹部疼痛较为剧烈。同时也可能会出现恶心、呕吐，以及绿色的水样大便。每天大便的量较多，可以达到4000~5000ml左右，因此可能会导致机体大量的液体丢失，引起脱水以及电解质紊乱，可能会出现休克的临床表现。
部分患者还可能会出现水样血便，并且可能会排出少许的斑块状伪膜。也可能会出现全身不适，表现为反复地高热、心动过速、血压下降、意识模糊。
个别患者还可能会出现中毒性休克、肠穿孔等并发症的发生。