牙根变黑的原因包括：
1.患有牙周病时，牙槽骨持续性吸收，牙龈萎缩，并暴露颜色较深的牙根。根面黏附大量食物残渣和软垢，能与唾液结合产生结石，造成牙根发黑、表面粗糙。
2.长期应用硬毛牙刷横向刷牙时，可使牙龈退缩，并在牙根部产生楔状缺损。黏附的食物软垢在细菌的代谢下产生酸性物质，不断破坏牙骨质，使牙根面形成黑色的龋损。
3.牙根形成隐裂时，大量外源性色素能沿裂纹渗透进入牙齿内部，使牙根呈现黑色外观。严重时会发生逆行性的根尖周炎，产生剧烈疼痛。