牙根发黑的原因有很多：
首先，有可能是龋病造成。牙菌斑等因素会造成牙齿脱矿，一旦时间长了，会造成牙体龋坏、变色，有可能会变黑色或者黄褐色。
其次，是烤瓷冠金属渗漏。如果牙齿经过修复戴了烤瓷冠以后，一旦时间长，会引起烤瓷冠边缘微渗漏而造成牙根发黑症状。
再者，还有可能是色素沉着造成。和不良生活习惯有关系，比如没有刷牙或者没有定期洗牙，牙齿上结石较多。而且，经常抽烟以及喝咖啡等，都有可能会导致色素被牙根吸收，继而引起发黑的症状。