过敏性结肠炎如果能够找到过敏源，一般容易治愈，但是也与个人体质有直接关系。过敏性结肠炎可分为4型，便秘型、腹泻型、便秘腹泻交替型和粘液性大便型。
此病如果能找到根本原因，是最好的办法，例如，有些病人先天性缺乏某些酶，如半乳糖缺乏引起的腹泻，或小麦蛋白过敏引起的腹泻，通过免疫治疗可以取得很好的效果。
部分原因尚不清楚，可通过生活调整、心理疏导，以及一些对症治疗，如腹泻等，可用于减缓肠道蠕动、增加黏膜保护的药物治疗。另外，中药对过敏性结肠炎有很好的疗效。