预防鼠疫，以往的鼠疫疫苗恐难以奏效。
目前世界范围内致力于研究鼠疫的疫苗，所以短期内进入疫区旅游的人员，可以口服四环素或复方磺胺甲恶唑进行预防。对于拟诊为肺鼠疫的病人一定要进行呼吸道隔离，如果与肺鼠疫患者有接触可服四环素进行预防。对于有呼吸道或发热症状者一定要接受医学观察。
对于鼠疫的预防，要控制老鼠的数量，处理其排泄物，并且对野生动物及其捕食者的监测也非常重要，要使用跳蚤驱避剂。在鼠疫的流行地区，要减少居住环境中啮齿动物的数量及栖息地。