人类感染鼠疫的常见途径是通过鼠蚤的叮咬。鼠蚤通过叮咬鼠类，而携带鼠疫杆菌。当再叮咬人类之后，可以传染给人类。其它途径，如患有肺鼠疫的患者，通过呼吸道可以将肺鼠疫传染给其他人。肺鼠疫可以造成鼠疫的大流行。
另外，直接接触死于鼠疫患者的痰液、血液、脓液及患有鼠疫的动物的皮、血、毛和肉，甚至吸入染菌的尘土，均可以造成鼠疫的感染。
鼠疫的主要传染源是鼠类，其它野生啮齿类动物，也是鼠疫的传染源，包括旱獭、黄鼠属。人群对鼠疫是普遍易感的，接种疫苗预防可以降低感染率，病后可以获得持久的免疫力。