肛拭子与咽拭子的区别如下：
首先，二者的取样方式不同。肛拭子主要是经过肛门进行取样，如果被检测者刚好有排便，也可以将大便标本送往相关部门检测。而咽拭子是经过口腔进行采样。
其次，二者的适用人群也存在区别。肛拭子目前只在小范围内使用，主要用于解除隔离标准或者排除标准，比如可用于入境人员、隔离点人员、有消化道症状的人员等。而咽拭子可用于街道、社区、全城等大规模的检测。
最后，肛拭子阳性比咽拭子持续的时间要更久，可以降低漏诊的比例。