新生儿低血磷会对身体的多个系统功能造成影响。
抗维生素D性佝偻病是新生儿遗传性缺陷疾病，可以表现为低血磷，因为肾小管的缺陷，丢失磷增加导致钙磷代谢紊乱，引起来的佝偻病。维生素D治疗没有效果，患儿可以有倦怠、软弱严重的会出现惊厥。
低磷血症可以引起红细胞硬度增加出现溶血，由于低磷可以干扰ATP的合成，损伤线粒体的功能，血小板减少以及巨噬细胞增多，还可以出现凝血功能受损以及出血的可能，对肌肉骨骼系统的影响可以导致儿童佝偻病的发生。