新生儿低磷血症的原因可能和肠道吸收不良、代谢性碱中毒、甲状旁腺功能亢进等因素有关系。
如果腹泻原因引起的低磷，及时纠正腹泻，避免电解质丢失。甲状旁腺功能亢进引起的血磷改变，需要进一步检查病因，以治疗原发疾病为主。
新生儿低血磷症最常见的原因之一，抗维生素D性佝偻病。这是一种肾小管遗传性的缺陷疾病，由于肾小管缺陷，肾脏丢失磷增多、钙磷代谢紊乱引起的佝偻病。对生理剂量的维生素D没有反应，所以单纯地补充维生素D是不可以的。