一般来说，这种疾病需要与以下一些疾病进行鉴别：
一，其他原因引起的脾大。血吸虫病、慢性疟疾、黑热病、肝硬化、脾功能亢进患者，均可以出现脾大。但是以上这些疾病均有各自原发病的临床特点，而且血象以及骨髓象没有慢性髓系白血病的典型表现。
二，类白血病反应。通常并发于严重感染、恶性肿瘤等基础疾病，并出现相应原发病的临床表现。粒细胞胞质中常有中毒颗粒和空泡。
三，骨髓纤维化。原发性骨髓纤维化脾大显著，血象中白细胞增多，并出现幼粒细胞，易与慢性髓系白血病混淆。但是骨髓纤维化外周血白细胞一般比慢性髓系白血病患者较少，多不超过30×10^9/L。