半夜肛门坠痛醒来说明疼痛比较剧烈，已经影响患者的睡眠，患者需要去医院就诊，明确原因后再采取相应的治疗，常见的原因有以下几个：
第一，感染性的疾病。包括肛周脓肿、肛窦炎等，一些高位的肛周脓肿肛周疼痛反而不明显，但会导致患者出现肛门严重的坠胀不适，还会带有明显的直肠刺激症状，需要使用抗生素控制局部的感染或者手术治疗。
第二，痔疮。当患者内痔出现血栓形成或者内痔痔核出现感染时，也会引发肛门坠痛的感觉，因为内痔位于直肠下端，患者可以通过痔疮栓塞肛门缓解局部症状。
第三，肠道内的疾病。例如肠道肿瘤和肠道炎症性疾病也有可能会引发类似症状，必要时患者需要行肠镜检查。