大多数的肛瘘是因为肛周化脓导致感染所引起，比如肛周脓肿出现破溃之后或者切开引流术后导致感染，直肠肛门受到意外损伤，粪便中的细菌入侵到伤口引起感染。
肛门裂开有伤口出现感染这些原因都会导致肛瘘的的发生，另外肛窦炎出现肛周感染是引起肛瘘主要原因。
出现肛瘘，可用消肿、清热解毒止痛的洗剂坐浴，每天涂抹金黄膏到局部，同时结合口服抗生素抗炎治疗，但是不宜长时间服用。平时要改变饮食结构，吃维生素丰富粗纤维较多的食物，保持大便通畅。