肛瘘形成的原因主要是患者的肛管周围出现了脓肿导致的。
当脓肿发生破溃以后或是通过手术切开引流以后，就会在肛周的皮肤处形成外口。而这种外口的生长相对较快，所以，会有脓肿假性愈合的现象发生，这样就会造成脓肿反复的发作，慢慢就会演变成多个瘘管以及外口，将原本单纯性的肛瘘，发展为较复杂性的肛瘘。
另外，一些其他的疾病，像是恶性肿瘤、结核、克罗恩病以及肛管感染、外伤等，也容易导致发生肛瘘，只是相对于肛周脓肿发生率较低。