桥本甲状腺炎和亚甲炎的区分需要依赖临床症状和相关检查结果。
桥本甲状腺炎和亚急性甲状腺炎的发生机制是不同的。桥本甲状腺炎的发生是由于甲状腺自身抗体水平升高，造成了甲状腺自身组织被破坏而出现甲状腺功能的异常，因此通常不伴有疼痛、肿胀等炎症反应，血常规及炎症指标也无明显异常，但是所导致的甲状腺功能减退通常是不可逆的。
亚急性甲状腺炎通常是由于细菌感染而造成甲状腺组织发生了炎症，因此会出现肿胀、疼痛的症状，且伴有炎症指标的升高及血沉增快。但是所导致的甲状腺功能异常通常是可逆的，在炎症消退后会逐渐恢复正常的甲状腺功能。