对于卵巢囊肿的女性，在治好以后仍然可能会有复发现象。
无论是通过药物保守治疗，还是进行手术切除治疗，在治疗以后都可能会因为其他原因而导致囊肿的再次出现。比如是卵巢巧克力囊肿的女性，常常都可能需要行腹腔镜微创手术将其切除，而在切除以后很容易出现复发表现，所以这类女性可能需要在手术后继续使用亮丙瑞林或者曲普瑞林，来避免巧克力囊肿的复发。
如果女性是盆腔炎症刺激导致的卵巢囊肿，在通过抗炎治疗以后也可能将其完全治愈，但是等到炎症再次出现的时候，又可能会刺激导致卵巢囊肿的复发。