肛瘘和痔疮是两种截然不同的疾病。
肛瘘是发生在肛周的一种感染性疾病，内口位于肛内，瘘管走行于肛周正常组织内，外口位于肛周皮肤上，而痔疮是由病理性肥大的肛垫形成的。从另一个角度，痔疮是人体正常的组织，由于增生、肥大，导致患者肛门出现不舒服的症状。
由此可见，肛瘘与痔疮是完全不同的，肛瘘会导致患者肛门周围反复出现感染的症状。而痔疮常会导致患者在排便时，自肛内脱出肿物，有的还会有出血及疼痛感。