肛瘘和痔疮有着本质上的区别。
肛瘘是由于肛门周围发生了感染，在脓液形成之后，进行了人为的切开放脓或者是脓肿发生了自己的溃破，最后会在肛门周围有管道的遗留，会在肛门周围的皮肤位置形成外口，外口会反复地流脓和流水。而痔疮本身是身体的固有组织和结构，根据发生位置的不同分为内痔、外痔和混合痔，是由于受到外来不利因素的影响，痔疮发生了病理性的改变，进而会有隆起、脱出、出血等临床症状。
肛瘘在诊断明确以后，主要的治疗方法是需要通过手术进行治疗。而痔疮在诊断明确以后，首先是通过药物治疗，药物治疗效果不理想的可以考虑手术治疗。