痔疮是直肠末端与肛管皮肤处的静脉曲张，而肛瘘是肛周软组织的慢性感染性疾病。二者无论从外部形态，还是从临床症状上看，区别都非常大。
痔疮是由大便干燥或者进食辛辣、刺激性食物等原因，引起的痔区静脉曲张，常引起肛门肿物、大便带血以及肛门疼痛，痔疮发作后保守治疗，症状多可缓解。
肛瘘是由肛隐窝感染化脓形成的，脓肿破溃后转为慢性炎症，也就是肛瘘，查体可见肛门处有一个或多个溃口，各溃口之间的皮下组织可触及条索状的瘢痕相通，溃口反复红肿、流脓，保守治疗无效，需要进行手术治疗。