一般肛裂反复发作病史超过两个月以上就可以称之为慢性肛裂。
慢性肛裂的裂口大多已经形成慢性溃疡裂口，周围组织由于慢性的炎症刺激会形成纤维化瘢痕。而炎症刺激也会导致裂口下方出现哨兵痔，以及裂口上方出现肛乳头肥大，两者和肛裂慢性溃疡裂口称之为肛裂三联症。
由于排便时的疼痛会让患者害怕排便，从而导致便秘或者加重原有的便秘症状，而便秘又会反过来加重肛裂，从而形成恶性循环。慢性肛裂大多需要通过手术治疗才能完全治愈。