肠结核晚期的症状，可能是出现了肠外结核的临床表现，有可能会出现恶心、呕吐以及肛门停止排便、排气等肠梗阻的症状。也可能会出现右下腹部疼痛较为严重，也可能会累及肠系膜以及周围的腹膜，导致患者出现结核性腹膜炎。
部分患者还可能会出现局限性脓肿，脓肿还可能会穿破腹壁引起肠外瘘，同时也可能会出现营养不良以及体重下降、反复低热等症状。
在疾病的晚期，需要及时的根据患者的疾病临床表现，制定合理的诊疗方案，可以提高该疾病的治愈率。