肾病综合征的并发症主要包括感染、血栓栓塞、急性肾衰竭等等。感染是肾病综合征的常见并发症。多隐匿起病，临床表现不典型，是导致肾病综合征复发或疗效不佳的主要原因之一。与患者免疫功能紊乱，全身营养状况下降以及应用糖皮质激素治疗有关。
常见感染部位为呼吸道、泌尿道、消化道及皮肤,常见的致病菌有肺炎球菌、溶血链球菌和大肠埃希菌等。血栓栓塞是肾病综合征最严重的致死性并发症之一。其发生与血液浓缩、高脂血症造成的血液粘稠度升高以及肝脏合成纤维蛋白原和部分凝血因子增加等因素有关。而且肾病综合症时血小板功能亢进，应用强利尿药及长期大量糖皮质激素均可加重高凝状态。肾病综合征常见的血栓栓塞部位是肾静脉，可为双侧或单侧。膜性肾病者发生率最高。肾病综合症时可以有效血容量不足而导致肾灌注减少，导致肾前性的氮质血症。经扩容利尿后可恢复。或应用血管紧张素转换酶抑制药导致肾小球灌注压降低。
少数病例可出现急性肾衰竭，表现为无明显诱因的少尿或无尿，扩容利尿无效，多见于微小病变性肾病。肾病综合征患者合并感染或用药导致急性肾小管坏死；合并双侧急性肾静脉血栓引起急性肾衰竭；呈肾病综合征表现的急进性肾小球肾炎或病理类型发生转型等导致的急性肾衰竭等等。