肾结石的治疗包括肾绞痛的治疗、排石治疗、溶石治疗、手术治疗以及预防复发的治疗。
肾绞痛发作时治疗主要是缓解患者的疼痛。首先，注射解痉止痛的药物，常用的有山莨菪碱或阿托品、哌替啶或吗啡，必要时可以重复使用。而排石治疗主要是通过大量的饮水，适当活动，并辅助一些解痉药物将结石排出。饮水的量要求能够达到每日尿量2000-2500ml以上，每日饮水要均匀。适当的活动，如跑步和跳绳能够促进结石的排出。辅助排石药物包括解痉药物、钙拮抗剂、α受体阻滞剂等。结石能否自行排出与结石大小和位置有关。溶石治疗仅适用于治疗尿酸结石和胱氨酸结石。尿酸和胱氨酸在碱性尿液中溶解度明显增加，因此碱化尿液是溶石治疗的关键。而手术治疗适用于无尿或肾后性急性肾衰竭的患者。如果结石直径大于1cm也可以考虑手术治疗。
此外，对于排石治疗无效的患者尤其仍有肾绞痛发作时,也可以考虑手术治疗。而现在多主张使用微创手术治疗,主要的具体方法包括体外震波碎石、经皮肾镜取石或碎石术，后腹腔镜肾盂输尿管切开取石。无论哪种方法获得的结石标本都要认真收集并进行结石成分的分析，这对指导患者的饮食治疗、防止结石复发是很有意义的。