甲减最严重的并发症就是出现粘液性水肿、昏迷，这种主要是见于老年、长期没有治疗的患者，容易在冬季寒冷的时候发病。
诱发的因素可以是严重的躯体的疾病，或者是寒冷、感染、手术等这些情况。粘液性水肿、昏迷属于甲减危象，治疗不当的情况下，有可能会引起昏迷、休克甚至死亡。甲减还容易引起高胆固醇血症，有可能会造成动脉粥样硬化以及冠心病，这是因为甲状腺激素可以促进胆固醇的合成，也可以促进胆固醇的分解。
如果在甲状腺分泌激素不足的情况下，就会导致胆固醇的合成增加，而分解减少出现高胆固醇血症，有可能会引起血管的动脉粥样硬化和冠心病。