亚临床甲状腺功能减退症能不能自愈，主要取决于病因是什么。
感染所引起的亚急性甲状腺炎、还有无痛性甲状腺炎、产后甲状腺炎等这些疾病，可能患者会经历甲亢期、甲减期最后恢复到甲状腺功能正常期。所以这些患者可能会经历亚临床甲减这个时期。出现这个时期，可能是向甲状腺功能正常期恢复的一个过程，这种情况是可以自愈的。
但是如果是桥本甲状腺炎引起的亚临床甲减，有可能随着疾病的发展可能发展成临床型的甲减，需要给予补充甲状腺激素的药物治疗。还有像甲亢碘131治疗后，或者是手术治疗以后，患者出现的亚临床甲减，或许也会随着病程的发展而发展成临床型的甲减。