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原发性甲减是由甲状腺本身的病变导致的，包括萎缩性的甲状腺炎，产后甲状腺炎，还有桥本甲状腺炎。有甲状腺的损伤，或者碘131治疗后，使甲状腺受到破坏。 还有碘过量，吃含碘的药物，比如胺碘酮，都可能诱发甲状腺功能减退。在吃抗甲亢的药物时，比如硫脲类和咪唑的药物，当量多以后，也会导致药物性的甲减。 原发性甲减主要的病变在甲状腺，T3、T4低时，TSH水平是增高的。中枢性甲减T4低时，TSH水平正常或者偏低，出现甲减有垂体或下丘脑的问题，使甲状腺激素产生少了，引起中枢性的甲减。
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