原发性胆汁性肝硬化的发病机制、特异性诱因和发病机制尚未完全证实。但目前发现它是一种自身免疫性疾病，其常用机制主要是体液免疫和细胞免疫机制。
此外，发现抗线粒体抗体主要分为4个亚型，其中M2与肝硬化高度相关，M8和M9可在患者亲属中发现。因此，可以推断胆汁性肝硬化的发生有家族遗传背景，但它是多种因素共同作用的结果，而不是绝对的遗传病。
因此，可以认为原发性胆汁性肝硬化通常不是遗传性的。但如果父母有这种疾病，孩子患此病的几率会增加，所以有一定的家族遗传背景。