肠道菌群失调症一般是不会自愈的。肠道菌群失调症也就是肠道内的菌群失调，有害细菌繁殖过多，抑制了有益菌的繁殖，从而导致肠道内毒素产生增多，患者会出现腹胀、腹泻或者便秘等症状。
通常与平时饮食不规律，或肠道受到感染引起，一般是不可以自己好的，需要服用药物治疗原发病。还要适当补充益生菌，比如布拉氏酵母菌、乳酸菌素片等，微生态制剂调节肠道内的菌群环境，也可适当服用维生素C、维生素B等，可以改善症状。
同时要停用其他抗生素，因为过多应用抗生素，也可导致肠道内菌群紊乱。