肾动脉血栓栓塞常有明显的发病诱因，明确诱因将有助于诊断。肾动脉血栓栓塞，栓子成分主要为血凝块，其次为胆固醇结晶及脓毒性赘生物等。
栓子来源常位于心脏或主动脉或肾动脉，肾动脉栓子的主要来源于心脏，最常由心房纤颤或细菌性心内膜炎引起。心房纤颤的附壁血栓及细菌性心内膜炎的瓣膜赘生物都可脱落形成栓子。
如果进行血管外科手术或介入手术后，主动脉或肾动脉粥样硬化斑块破裂形成胆固醇栓子，也会引起肾动脉血栓栓塞。
此外，创伤性的肾动脉血栓常由腹部钝性创伤引起，尤其见于车祸。
此外，肾动脉外科手术、介入检查及治疗也能促进血栓的形成。而非创伤性肾动脉血栓十分少见，发病原因可能与以下因素有关：包括肾动脉内膜损伤、动脉粥样硬化、感染及炎症等以及高凝状态，包括抗磷脂综合征等。