肾病综合症的并发症包括感染、血栓、特发性急性肾衰竭。感染包括细菌、真菌及病毒感染，容易发生在足量激素及免疫抑制剂初始治疗的头3个月内，对感染一定要认真防治。
在进行上述免疫抑制治疗前及治疗中，应定期给患者检验外周血淋巴细胞总数及CD4细胞数。前者低于600/mm3或后者低于200/mm3时，发生感染的几率显著增加。反复感染者可以试用免疫增强剂预防感染。
防治血栓栓塞并发症的药物有抗血小板药物、抗凝药物和溶栓药物。而特发性急性肾衰竭，此并发症常见于老年、微小病变肾病的肾病综合症复发患者。发病机制目前不清，主要治疗需用血液透析、甲泼尼龙冲击治疗以及袢利尿剂应用。