幽门螺杆菌感染后的治疗，需要联合使用质子泵抑制剂以及抗生素治疗。
如果单独使用抗生素治疗或者单独使用质子泵抑制剂，疗效都较差。临床当中比较常用的质子泵抑制剂以及抗生素有奥美拉唑肠溶胶囊、潘托拉唑胶囊、雷贝拉唑胶囊以及阿莫西林胶囊、克拉霉素、甲硝唑、替硝唑等，需要使用上述药物七到十四天该感染才能完全控制。
部分对上述药物不敏感的患者，使用上述药物治疗时效果欠佳，有可能需要延长该疾病的治疗时间。