低位单纯性肛瘘手术方式相对容易，临床效果好。低位单纯性肛瘘是指仅有一个瘘道，并且在括约肌深部以下，内口多在肛窦处。
其手术方式多选择一次性切开瘘管前壁，彻底处理内口和瘘道内失去活力的组织、肉芽和脓苔，清除感染源，也就是肛窦炎，或者围绕着瘘道纤维化管壁，完整切除瘘管，黏膜下结扎内口，切口不缝合。
此类手术方式比较简单，操作时间短，一般切口小，恢复较快，并发症较少，相对于高位复杂性肛瘘效果好。