只有一个内口，瘘管和外口的称为单纯性肛瘘。单纯性肛瘘又分为低位单纯性肛瘘和高位单纯性肛瘘。低位单纯性肛瘘只有一个瘘管，并通过肛提肌以下，内口在肛窦附近。高位单纯性肛瘘有一条瘘管，瘘管穿过肛提肌上方，内口位于肛窦附近。
单纯性肛瘘只能通过手术来治愈，手术成败的关键在于是否能够准确寻找到内口并处理好内口，能否彻底清除感染的肛窦、肛腺导管和肛腺。
高位单纯性肛瘘因瘘管经过肛提肌上方，术中清除起来比较困难，容易损伤肛门肌肉，所以术后容易复发。