脑器质性精神病治疗相对较复杂，总体原则是在积极治疗原发病的基础上对症治疗。
因为脑器质性精神病首先原发病的原因较多，例如脑外伤、颅内出血、颅内感染、大脑退性变等原因均可以造成精神障碍，如果由于外伤引起的需要积极治疗脑外伤，颅内感染的要积极控制感染等。
脑器质性精神病临床表现也各有不同，出现焦虑抑郁可以给予抗焦虑、抑郁的药物，米氮平、艾司西酞普兰等药物治疗，出现精神病性症状可以给予抗精神病药物，利培酮、奥氮平、氨磺必利等药物治疗。