腱鞘巨细胞瘤和囊肿在发病原因、部位以及治疗方式上有一定的区别。
腱鞘巨细胞瘤通常出现于足部、手腕处以及肩部等部位，病因尚不确定，可能与反复的刺激或者是外伤因素有关。如果长时间不进行治疗，可能会发生恶变，并且向远处转移，在确诊以后主要是进行手术切除，但是在术后有可能会复发。
腱鞘囊肿主要出现于腕关节、手指关节等部位，通常为慢性损伤所导致，在早期一般不会产生特别明显的症状，也不会出现恶变的情况。如果囊肿过大引起了不适症状，可通过穿刺抽取的方法予以治疗，只有特别严重时才考虑手术治疗。