急性间质性肾炎的鉴别诊断，应该仔细寻找并尽可能明确引起间质性肾炎的原因。在这里，可以通过病史的采集看是否存在近期感染病史和证据。是否有使用可疑药物的病史，近期是否有过毒物接触史和放射照射史。可以通过查体和实验室检查发现是否存在全身过敏性表现，是否存在免疫学指标的异常，是否存在血钙、尿酸等代谢异常，必要时可以通过特殊的检查手段，如肿瘤相关抗原检测、骨髓检查等除外肿瘤相关性急性间质性肾炎的可能。
对于那些肾组织病理改变为急性间质性肾炎，但临床无特异性病因可循时可以诊断为特发性的急性间质性肾炎。