治疗淋球菌性肛门直肠炎的药物可以选用第3代头孢菌素，比如说头孢曲松、头孢噻肟钠等。
淋球菌对于第3代头孢菌素特别的敏感，能够很快地将淋球菌完全消灭，淋球菌性肛门直肠炎明确诊断之后，要及早给患者使用抗生素，而且剂量要足，防止演变成慢性的感染。
在治疗期间要注意个人卫生，对于内裤要定期的进行消毒，同时要注意保持性卫生，避免再次进行不洁的性生活，否则容易导致直肠炎反复发作，避免进食对肛门有刺激性的食物。