淋球菌性肛门直肠炎明确诊断后要给予足量的抗炎治疗，主要的抗菌药物为大观霉素，部分青霉素和头孢类抗生素也可以用于淋球菌性肛门直肠炎的治疗。在治疗期间要注意以下两点：
首先，要注意保持肛门部的卫生，大便后要对肛门进行及时的清洗，对于内衣裤也要进行严格的消毒。
其次，淋球菌性肛门直肠炎多见于同性恋的患者，治疗期间要避免发生无保护的性生活，同时要对性伙伴进行治疗，治疗期间要和家人进行适当的隔离，避免给家人造成感染。