一些轻微的肛瘘，如果平时没有任何的临床症状，或者轻微肛瘘的外口在发作间歇期时愈合，并且愈合后再也没有出现过反复肿痛以及破溃、流脓的现象，也可以暂时不行手术治疗。
因为在临床上还是有极少部分的肛瘘会出现自愈，常见的是一些低位肛瘘，特别是皮下肛瘘，瘘管内会出现皮肤化，从而会出现自愈。
但绝大多数的肛瘘都需要手术治疗，不及时手术有可能会将单纯性的肛瘘变成复杂性的肛瘘，增加后期治疗的难度，还有可能会导致急性感染，引发一些比较严重的后果，而且肛瘘时间久了有可能会出现恶变。