嗜酸细胞性直肠炎的治疗主要是给患者使用药物治疗，部分患者也有可能给予手术治疗，同时也需要结合一般治疗的方式来缓解症状。
药物治疗主要是给患者使用糖皮质类固醇激素，服用药物一到二周后症状控制时，需要给予持续减量，但不能立即停药，如果立即停药有可能会导致上述疾病症状的反复。而且使用药物治疗效果欠佳时，还需要调整用药方案。
一般治疗主要是避免给患者进食含粗纤维，以及比较粗糙的食物，注意个人的饮食卫生，避免抽烟、喝酒。