中药对过敏性结肠炎有很好的疗效，中医认为大多数过敏性疾病与风邪有关，服用健脾、养血、祛风湿药治疗过敏性结肠炎有效。
过敏性结肠炎一般可分为四型：便秘型、腹泻型、便秘腹泻交替型、粘液性大便型。对于过敏性结肠炎如果能找到根本原因是最好的办法，例如有些病人先天性缺乏某些酶，如半乳糖缺乏引起的腹泻，如小麦蛋白过敏引起的腹泻，通过免疫治疗可以取得很好的效果。
此外部分原因尚不清楚，可通过生活调理、心理疏导以及一些对症治疗，如有腹泻的可用一些减缓肠道蠕动，增加胃肠黏膜保护的药物治疗。