老鹳草常见的副作用有腹泻、腹痛、头晕、恶心、呕吐等。
老鹳草常用于治疗腹泻，服用老鹳草可以减少小肠的蠕动，甚至使盲肠部位出现逆蠕动，从而缓解腹泻。但服用过多的老灌肠，会增强大肠蠕动，导致腹泻加重。
部分患者对老鹳草过敏，使用时会出现皮肤红肿、瘙痒等过敏反应。
老鹳草既可以内服，也可以外敷。外敷时具有消炎止痒、活血止痛、祛除风湿等作用，可用于治疗湿疹、风湿、跌打损伤等疾病。孕妇最好忌用老鹳草，药性会被胎儿吸收，对胎儿造成影响。在怀孕前3个月，最好不要外敷老鹳草。