IgA肾病的治疗原则主要是对症治疗，减少肾脏的损伤，保护肾功能。在具有明显的粘膜感染时可以用抗生素治疗，对肉眼血尿反复发作的患者，行扁桃体切除术有一定的效果，去除食物中谷蛋白的成分，可以减少系膜IgA的沉积。
一般情况下，IgA肾病的治疗不采用免疫抑制剂治疗，对于有大量蛋白尿、肾病综合征等表现、肾脏病理显示有新月体形成者，可以采用糖皮质激素和环磷酰胺治疗，以缓解临床症状，保护肾功能。在尿蛋白量为1一2克/天，且肾功能正常的IgA肾病中采用常规的激素治疗方案，对减少尿蛋白和长期保护肾脏功能有益。
中药雷公藤能阻止静止期淋巴细胞的増殖，诱导活化的淋巴细胞发生凋亡，具有较明显的免疫抑制作用。最近国内外有大量对于轻、中度蛋白尿的IgA肾病患者采用血管紧张素转换酶抑制剂治疗，取得疗效的报告。抗凝和抗血小板聚集治疗，对IgA肾病也具有疗效。尤其是对中、重度的IgA肾病，抗凝及抗血小板聚集治疗可以减少蛋白尿，保护肾功能，提高肾脏的生存率。