肠气囊肿有可能需要手术治疗，因为该疾病有可能会导致患者出现肠穿孔，引起急性腹膜炎、肠壁坏死、急性完全性肠梗阻等并发症。如果同时有发现肠道肿瘤时，也应该要考虑手术治疗。
除了手术治疗以外，还有其他治疗方法，包括高压氧治疗。连续治疗3~7天以后，患者的肠气囊肿可以明显地缩小或者消失。同时，也需要积极治疗原发疾病，比如幽门梗阻、消化性溃疡等疾病引起时，需要积极地使用药物治疗。
肠气囊肿在手术后应该要再次复查腹部X线平片。