直肠癌的病因目前还不明确，有可能与肠道息肉、遗传和饮食有关。
肠道息肉可以分为腺瘤性息肉和炎症性息肉，腺瘤性息肉具有癌变的倾向。相当一部分直肠癌患者是在肠道息肉发生病变所引起，尤其是腺瘤息肉直径大于两厘米以上的癌变的几率会更高。家族中有前辈患了肠道息肉或者肠癌，子女的患癌几率会比正常人高。
饮食也是导致直肠癌的一个病因，经常吃高脂肪、油腻的食物，经常吃烟熏的食品，容易引起体内的毒素堆积，不能及时排出，久而久之容易形成直肠癌。