治疗支原体或衣原体的中药主要是具有清热解毒、健脾利湿、增加机体免疫系统功能的药物，比如地龙、红花、金银花、黄芩等，或者是中成药物利尿消炎药丸。
但是在临床上对于支原体以及衣原体的治疗，如果采用中医容易使这类抗原产生耐药性。因此临床医学中，经常通过中医辨证治疗配合西医抗生素类药物，治疗支原体或者衣原体感染。
可以使用大环内酯类抗生素，如罗红霉素、克拉霉素等，以及喹诺酮类药物，如氧氟沙星，对于衣原体也可以使用氯霉素或利福平。