支原体和衣原体主要是通过一些分泌物进行检查，也可以通过血液进行检验查找。
如果用分泌物检查，一般多用尿道口的分泌物进行检查。就是直接从尿道口取一些分泌物进行检查，把取的分泌物送到实验室，对分泌物中的菌群进行培养。如果检测到支原体或衣原体，就可以进行确诊。再就是通过化验血的方法，进行血培养找支原体或衣原体，或非典型致病菌。如果能够找到支原体或衣原体，即可确定诊断。
当确定是支原体或衣原体感染的时候，要及时使用敏感的抗生素治疗。常用的是大环内酯类抗生素，如阿奇霉素、红霉素等。