子宫内膜薄的原因比较多，比如药物、手术、炎症，或者内分泌紊乱以及年龄因素等等：
第一，如果长期服用短效避孕药或者服用某些促排卵的药物，就会使得子宫内膜的厚度降低。
第二，如果反复做人流手术，在手术时就会破坏子宫内膜的功能层，导致厚度降低、月经量减少。
第三，导致子宫内膜薄的另外一个主要因素就是内分泌紊乱，由于卵巢功能不好，不能分泌充足的雌激素，子宫内膜由于缺乏雌激素的供养，也会引起厚度降低。
第四，由于年纪的增大，卵巢功能会不断的退化，子宫内膜也会生理性的变薄。